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CURRICULUM VITAE di Gabriele Ausiello

DATA DI NASCITA: 28/10/1970 LUOGO DI NASCITA: Roma

CITTADINANZA: Italiana

Posizione Attuale

Ricercatore nel settore disciplinare BIO/11 presso il Dipartimento di Biologia nella Facolta’ di Scienze MMFFNN dell’Universita’ di Roma “Tor Vergata”.

Titoli di Studio

2006 - Dottorato in Biologia Cellulare e Molecolare, Università di Roma "Tor Vergata".

Titolo tesi: "High-throughput exploration of functional residues in protein structures".

1996 - Laurea in Scienze Biologiche, Università di Roma "La Sapienza".

Titolo tesi: "Il riconoscimento molecolare: sviluppo di un metodo automatico per la ricostruzione di complessi proteici". 

Incarichi di Ricerca

2008-

Ricercatore nel settore disciplinare BIO/11 presso il Dipartimento di Biologia della Facolta’ di Scienze MMFFNN dell’Universita’ di Roma “Tor Vergata”.

 

2007-2008

Assegnista di ricerca per il Dipartimento di Scienze Biochimiche dell’Universita’ di Roma "La Sapienza"  sotto la supervisione della Prof. Anna Tramontano nell’ambito del progetto “European Network for Integrated Genome Annotaion – BIOSAPIENS”. Attivita’: Annotazione funzionale, predizione strutturale e analisi interazioni in proteine umane.

 

2005-2007

Assegnista di ricerca per il Dipartimento di Scienze Biochimiche dell’Universita’ di Bologna  sotto la supervisione della Prof. Rita Casadio nell’ambito del progetto: "LIBI: Laboratorio Internazionale di  BioInformatica". Attivita’: Caratterizzazione di pattern funzionali in superfici proteiche.

 

2002-2005

Dottorato di Ricerca in “Biologia Cellulare e Molecolare” presso l’Universita’ di Roma "Tor Vergata" nel laboratorio della Prof. Manuela Helmer-Citterich. Attivita’:  Metodi di individuazione di motivi funzionali in strutture di proteine.

 

2001- 2002

Borsista Telethon presso il Dipartimento di Biologia dell’ Universita’ di Roma "Tor Vergata" . Attivita’: Analisi di motivi lineari di sequenza negli Eucarioti.

 

1996-1998

Borsista presso il laboratorio della Prof. M. Helmer-Citterich, Universita’ di Roma "Tor Vergata". Attivita’: Analisi di profili 3d di superfici di strutture proteiche.

 

1993-1996

Lavoro di tesi presso il laboratorio della Prof. M. Helmer-Citterich, Universita’ di Roma "Tor Vergata". Attivita’: Docking di complessi proteici.

 

1992-1993

Lavoro di tesi presso il laboratorio della Dott. Patrizia Filetici presso il Centro degli Acidi Nucleici del CNR. Attivita: Caratterizzazione funzionale di proteine in Lievito.

 

 

Attivita’ didattica

 

AA 2005-2009

Contratti Retribuiti di insegnamento per l'università di Roma "Tor Vergata" per i corsi di:

"Bioinformatica" - 3 CFU obbligatori - per il corso di Laurea in "Biologia Umana"

"Complementi di Bioinformatica" - 1 CFU - per il corso di Laurea in  "Biologia Umana"

 

AA 2004-2005

Svolge 1 CFU di lezioni nell'ambito del corso Bioinformatica Molecolare per i corsi di laurea Specialistica in "Biologia Cellulare e Molecolare", "Biologia Umana" e "Bioinformatica" presso l'università di Roma "Tor Vergata".

 

AA 1993-2007

Svolge regolarmente attività di assistenza agli studenti nella stesura di tesi, sia per quanto riguarda la programmazione del lavoro che la successiva elaborazione e analisi dei risultati.

Svolge regolarmente attivita' di esercitazione sia sperimentale che teorica ed ha regolarmente fatto parte delle Commissioni d'esame in veste di cultore della materia nell'ambito dei seguenti corsi presso l'università di Roma "Tor Vergata":

          AA1993-1997  "Laboratorio di Metodologie Genetiche" del corso di Laurea in "Scienze                Biologiche"

          AA2001-2002  "Bioinformatica" dei corsi di Laurea in "Biologia Cellulare e

                     Molecolare", "Biologia Evolutiva ed Ecologia" e "Biotecnologie"

          AA2002-2005  "Bioinformatica" dei corsi di Laurea Triennale in "Biologia Cellulare e                               Molecolare" e "Biologia Umana".

          AA2005-2007  "Bioinformatica" dei corsi di Laurea Triennale in "Biologia Cellulare e                               Molecolare".

          AA2003-2007 "Bioinformatica Molecolare" dei corsi di Laurea Specialistica in "Biologia               Cellulare e Molecolare",  "Biologia Umana" e "Bioinformatica".

Interessi di Ricerca e linee di ricerca attuali

Bioinformatica strutturale. Analisi di sequenze. Annotazione funzionale di proteine. Confronto di strutture proteiche. Docking di proteine.

Identificazione siti di legame per il fosfato. Ricerca di tasche di legame in strutture proteiche. Classificazione ed identificazione di motivi funzionali su strutture proteiche

Personal information

Birth: October 28th, 1970, Rome, Italy 

Current Position

Researcher BIO/11 in the Department of Biology of the University of Rome “Tor Vergata”

 

Education

2005  - Ph.D. in Cellular and Molecular Biology, University of Rome "Tor Vergata"

Title of the PhD Thesis: High-throughput exploration of functional residues in protein structures.  Supervisor: Prof. Manuela Helmer-Citterich

 

1996- Degree in Biology, University of Rome "La Sapienza"

Title of the Thesis: ESCHER:  a new docking procedure applied to the reconstruction of protein tertiary structure. Supervisor: Prof. Manuela Helmer-Citterich

 

Previous Positions

 

2007-2008 Postdoc researcher in Bioinformatics, University of Rome "La sapienza"

2005-2007 Postdoc researcher in Bioinformatics, University of Bologna

2002-2005PhD in Cellular and Molecular Biology, University of Rome "Tor Vergata"

2001- 2002Telethon graduate fellow in Bioinformatics, University of Rome "Tor Vergata"

1996-1998Graduate fellow under Prof. M. Helmer-Citterich, University of Rome "Tor Vergata"

 

General Research Interests

 

Structural Bioinformatics. Sequence analysis. Protein functional annotation. Protein structure comparison. Protein docking.

 

Current Lines of Research

 

Identification of phosphate binding sites in protein structures. Prediction of ligand binding sites in protein structures. Classification and identification of protein structural motifs.

 

Teaching

 

2005-2008 “Bioinformatics” for the degree in Human Biology at the University of Rome "Tor Vergata"

2009-now “Bioinformatics” for the degree in Bioinformatics at the University of Rome "Tor Vergata"

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