Matthias Auf der Maur è nato a Lucerna, Svizzera, nel 1977. Ha conseguito il diploma in Ingegneria Elettronica presso il Politecnico Federale di Zurigo (ETH) nel 2003 con specializzazione in elettronica delle microonde. Dopo il diploma ha lavorato per nove mesi al laboratori per l'elettronica alle microonde dell'ETH. Nel 2008 ha ottenuto il dottorato in Microelettronica e Telecomunicazioni al Dip. di Ingegneria Elettronica dell'Università di Roma Tor Vergata. Dopo il dottorato ha proseguito la sua attività di ricerca nel gruppo di optoelettronica della stessa Università prima con un assegno di ricerca e dal 2010 come ricercatore a tempo determinato.