Gerardo Pepe
Bioinformatico / Biostatistico
Articoli pubblicati: 8 / Scopus h-index: 4 / # Citazioni: 67
via Giulio Tesauro, 67 Salerno (SA)
+39 3881604796
gerardopepe0@gmail.com /gerardo.pepe@uniroma2.it
07/12/1988
Formazione
2017 - 2020 PhD in Biologia Cellulare e Molecolare (BCM)
Titolo: Identification of genomics signatures of drug response and tumorigenesis.
Università di Roma Tor Vergata
2015 - 2017 Laurea Magistrale in Bioinformatica (LM6)
110/110 cum laude
Titolo: Systematic identification of informative genes for an improved prediction and interpretation of drug response mechanisms in cancer cell lines.
Università di Roma Tor Vergata
2015 Laurea Triennale in Scienze Biologiche (L13)
Titolo: RT-PCR validation of putative sex-specific transcripts in
Phlebotomus pernicious adult stage.
Università di Naploli, Federico II
Posizioni ricoperte
dal 2023 Ricercatore, RTDa
Methods for comparison and integrative analysis of healthy and control patients to develop targeted RNA based therapies.
Università di Roma Tor Vergata
dal 2021 Review Editor: Frontiers in Molecular Biosciences - Protein and RNA Networks.
dal 2020 al 2023 Post-doc, lab prof. Manuela Helmer-Citterich
Discovery and perturbation of pathogenic variations in the kinase network regulating cancer-associated super-enhancers.
Università di Roma Tor Vergata
Premi
2022 Contributo premiale per ricercatori ed assegnisti di ricerca
Regione Lazio
tutto quanto corrisponde a verità, ai sensi degli articoli 46 e 47 del D.P.R. 445 del 2000
Insegnamento
dal 2022 Modulo di Bioinformatica nel CI Bioinformatica e Genetica Medica – 6 CFU, corso fondamentale
Laurea triennale in Scienze Biologiche
Università di Roma Tor Vergata
dal 2021 Corso Biological Networks – 2 CFU, AAS
Laurea magistrale in Bioinformatica
Università di Roma Tor Vergata
dal 2019 Relatore di 3 tesi Magistrali in Bioinformatica.
dal 2018 Co-relatore di 7 tesi Magistrali in Bioinformatica.
dal 2017 Co-relatore di 14 tesi Triennali in Scienze Biologiche e Biotecnologie.
dal 2017 Tutor e membro di Commissione d’esame per il Corso di Biologia Molecolare per la laurea triennale in Scienze Biologiche.
Università di Roma Tor Vergata
dal 2017 Tutor e membro di Commissione d’esame per il Corso di Bioinformatica per la laurea triennale in Scienze Biologiche.
Università di Roma Tor Vergata
Background accademico / Esperienze
2021 GTN Smörgåsbord: A Global Galaxy Course – Corso online
RNA-Seq analysis, Single-cell RNA seq analysis, Proteomics Galaxy Training Network (GTN)
2021 Winter school 2021: ‘Bioinformatics for discovery in structural and functional biology’ – Corso online
Dipartimento di Farmacia e Biotecnologia dell’Università di Bologna
2021 Advanced Training Course in ‘Data mining in Aquaculture and Biomedicine’ – Corso online
Dipartimento di Biologia dell’Università di Roma Tor Vergata
2019 2nd International Workshop in cancer genomics
IRE, Regina Elena, Roma
2019 2nd U-PGx personalized medicine (Pharmacogenomics into the clinic, cancer genomics)
Università di Roma Tor Vergata
2019 DeepLearn 2019 (data clustering, deep learning in medicine, feature extraction, big data and statistical inference, knowledge discovery from complex data)
Varsavia, Global Expo
2016 RNA-seq data analysis workshop (NGS data processing, de novo transcriptome assembly and analysis)
Università di Napoli, Federico II
Lingue
Inglese Avanzato (B2)
Italiano Madrelingua
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Abilità tecniche
Linguaggi di programmazione: Python, Pandas, Sklearn, Seaborn (Clustermap, Heatmap), Bash, R, C, Ruby, MySQL, HTML, CSS, PHP.
Conoscenze computazionali:
HPC (High performance cluster), Galaxy, Big data manipulation and analysis, Feature selection, Machine learning (Elastic Net, Random Forest, SVR), Deep learning, NGS analysis, RNA-seq data analysis, Variant calling, Chip-seq analysis, biological networks analysis and comparison, R/Bioconductor
Esperienze sperimentali:
PCR, RT-PCR, PCR real-time, DNA and RNA extraction, DNA cloning, Electrophoretic mobility shift assay, DNA sequencing, Plasmid miniprep
Sistemi operativi:
Linux, Windows, macOS
Altro:
Sviluppatore di applicazioni web per la bioinformatica
Conferenze
2022 3D-BioInfo Annual General Meeting
Selected Talk: Identification of RNA modules in human lncRNAs
Wellcome Genome Campus, Hinxton, Regno Unito
2022 Annual conference of the Bioinformatics Italian Society (BITS) 2022
Selected Talk: Identification of RNA modules in human lncRNAs
Polo Santa Marta, Verona
2022 BEST HACKATHON 2022 – Invited Speaker
DNA, Big Data & Informatics
Macroarea di Ingegneria - Università di Roma Tor Vergata
2021 3D-Bioinfo Annual General meeting
Selected Talk: “Interactions RNA-RNA binding proteins”
Conferenza online
2021 Annual conference of the Bioinformatics Italian Society (BITS) 2021
Selected Talk: “Variation in the co-expression profile highlights the loss of miRNA-mRNA regulation in several cancers”
Conferenza online
2018 Annual conference of the Bioinformatics Italian Society (BITS) 2018
Abstract: “Systematic identification of informative genes for an improved prediction and interpretation of drug response mechanisms in cancer cell lines”
Università di Torino
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Publicazioni
1. Pepe, G., Appierdo, R., Carrino, C., Ballesio, F., Helmer-Citterich, M. and Gherardini, P.F. (2022) Artificial intelligence methods enhance the discovery of RNA interactions. Frontiers in Molecular Biosciences, 1113.
Scopus Citations: - / Journal Impact Factor: 6.113
2. Pepe, G., Carrino, C., Parca, L. and Helmer-Citterich, M. (2022)
Dissecting the genome for drug response prediction. Methods in molecular biology.
Data Mining Thecniques for the Life Sciences, 187-196.
Scopus Citations: - / Journal Impact Factor: 1.37
3. Pepe, G., Parca, L., Viviani, L., Ausiello, G., and Helmer-Citterich, M. (2022a). Variation in the co-expression profile highlights a loss of miRNA-mRNA regulation in multiple cancer types. Non-Coding RNA Research 7, 98–105.
Scopus Citations: 1 / Journal Impact Factor: 5.978
4. Pepe, G., Guarracino, A., Ballesio, F., Parca, L., Ausiello, G., and Helmer-Citterich, M. (2022). Evaluation of potential miRNA sponge effects of SARS genomes in human. Non-Coding RNA Research 7, 48–53.
Scopus Citations: 4 / Journal Impact Factor: 5.978
5. PDBe-KB consortium (2022). PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data. Nucleic Acids Res. 50, D534–D542.
Scopus Citations: 16 / Journal Impact Factor: 19.160
6. Novelli, G., Liu, J., Biancolella, M., Alonzi, T., Novelli, A., Patten, J.J., Cocciadiferro, D., Agolini, E., Colona, V.L., Rizzacasa, B., et al. (2021). Inhibition of HECT E3 ligases as potential therapy for COVID-19. Cell Death Dis. 12, 310.
Scopus Citations: 20 / Journal Impact Factor: 9.685
7. Guarracino A., Pepe* G., Ballesio F., Adinolfi M., Pietrosanto M., Sangiovanni E., Vitale I., Ausiello G., Helmer-Citterich M. BRIO: a web server for RNA sequence and structure motif scan. Nucleic Acids Res.2021; 49: W67–W71.
Scopus Citations: 3 / Journal Impact Factor: 19.160
8. Parca, L., Pepe*, G., Pietrosanto, M., Galvan, G., Galli, L., Palmeri, A., Sciandrone, M., Ferrè, F., Ausiello, G., and Helmer-Citterich, M. (2019). Modeling cancer drug response through drug-specific informative genes. Sci. Rep. 9, 15222.
Scopus Citations: 23 / Journal Impact Factor: 4.996
*co-primo autore
Altre info ed interessi
Interessi Programmazione, Statistica, Data analysis, NGS, articoli scientifici, viaggiare, cucinare, cinema, e letteratura.
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